سابقه تاسیس شرکت انبارهای عمومی و خدمات گمرکی به سال 1340 می‌رسد. در این سال شرکت سهامی انبارهای عمومی به استناد «تصویب‌نامه قانونی تاسیس انبارهای عمومی» به منظور قبول امانت و نگهداری مواد اولیه، محصولات صنعتی، فلاحتی و کالاهای صاحبان صنایع، کشاورزان و بازرگانان با موافقت هیئت نظارت بر انبارهای عمومی و با رعایت مقررات قانون «تاسیس انبارعمومی» و آیین‌نامه‌های مربوطه به صورت شرکت سهامی، تاسیس و بر طبق مقررات ایران به ثبت رسید.
پس از آغاز به کار شرکت و به‌دلیل خدمات ویژه‌ای که بانک‌ها بر مبنای فیش وثیقه کالا در شرکت انبارهای عمومی به تاجران و صاحبان کالا ارایه می‌دادند، انبارعمومی با اقبال عمومی بازرگانان مواجه شد و صاحبان صنایع و کالا به شدت به دنبال همکاری با این صنف و شرکت معتبر بودند. بر این اساس، طرح توسعه و گسترش شرکت انبارهای عمومی به عنوان اولویت اصلی کاری هیئت‌مدیره وقت این شرکت تعیین شد. بدین‌ترتیب، انبارعمومی وابسته به شرکت سهامی انبارهای عمومی در سراسر کشور و مبادی ورودی و خروجی کالا تاسیس شدند و به فعالیت موثر اقتصادی پرداختند.
انبارهای عمومی وابسته به عنوان واحدهای تابعه شرکت سهامی انبارهای عمومی، خدماتی مانند تخلیه، بارگیری، نگاه‌داشت، ایمنی و حفاظت کالا را ارایه و تا سال 1357 به همین شیوه به فعالیت خود ادامه دادند. تا اینکه پس از پیروزی انقلاب اسلامی در بهمن ماه 1357، شرکت سهامی انبارهای عمومی که در مالکیت بانک‌های خصوصی و برخی از افراد بانفوذ رژیم سابق بود، ملی اعلام شد و به «شرکت سهامی عام انبارهای عمومی و خدمات گمرکی ایران» تغییر نام یافت و اداره آن نیز مانند گمرکات، به وزارت‌خانه‌های بازرگانی و اقتصاد و امور دارایی واگذار شد.
شرکت انبارهای عمومی تا سال 1378 در همین چارچوب به فعالیت خود ادامه داد تا اینکه این شرکت با امضا و ابلاغ مصوبه‌ای به وسیله معاون اول وقت رییس‌جمهوری اسلامی ایران در ازای بخشی از بدهی دولت به صندوق بازنشستگی کشور، به این صندوق واگذار شد و از آن پس فعالیت موثر خود در عرصه اقتصادی کشور را در چارچوب بخش خصوصی و با اهداف عام‌المنفعه در پیش گرفته است.
پس از این تغییرات، ساختار شرکت تغییراتی پیدا کرد که یکی از آنها، تبدیل برخی از واحدهای تابعه به شرکت‌ها و شعب مستقل دارای رابطه مستقیم کاری بود و از آن زمان، شرکت‌ها و شعب به فعالیت‌های خود در چارچوب قوانین حاکم بر حوزه کسب و کار ادامه می‌دهند.